O MNCR tem como prática a democracia direta, na qual os espaços deliberativos do movimento são as bases orgânicas e os comitês regionais. Dessa forma os debates vem e voltam possibilitando a participação de todos os catadores. Cada Comitê Regional indica dois representantes para a Coordenação  Estadual, que por sua vez indica dois delegados para a Comissão Nacional.

Para a execução de tarefas em nível Nacional criou-se a Equipe de Articulação Nacional, sua tarefa é  agilizar a execução de ações e articulações, criando um laço Nacional entre o movimento. A equipe é composta por 5 catadores das regiões: Sul, Sudeste, Centro-Oeste e Nodeste.

Para fazer parte de qualquer instância do movimento o catador ou catadora têm de estar ligado(a) a uma base orgânica do movimento e a um comitê regional.